Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Tĩnh đi vào hoạt động từ tháng 9 năm 2009 theo Quyết định số 1885/QĐ-UBND ngày 8/7/2008 của UBND tĩnh Hà Tĩnh về việc thành lập Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Tĩnh. Ngày 14/6/2021 UBND tỉnh Hà Tĩnh đã ban hành Quyết định số 2329/QĐ-UBND về việc quy định cơ cấu tổ chức của Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm, trực thuộc Sở Y tế. Theo đó, cơ cấu Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm gồm có 02 phòng gồm: Phòng Hành Chính - Tổng hợp và phòng Nghiệp vụ, hiện có 13 biên chế.

Theo Quyết định số 833/QĐ-SYT ngày 13/7/2021 của Sở Y tế Hà Tĩnh về ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm thì Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm: