Tháng 9 năm 2009 Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Tĩnh bắt đầu đi vào hoạt động và được hình thành trên cơ  sở nguồn nhân lực được tách ra từ khoa Thực phẩm của Trung tâm Y tế dự phòng tỉnh Hà Tĩnh và điều động thêm một số cán bộ công chức từ Văn phòng Sở Y tế, Trung tâm phòng chống Sốt rét- KST- CT Hà Tĩnh. Số cán bộ công chức, viên chức ban đầu là 07 người. Đơn vị đã được bổ sung thêm biên chế, hiện tại tổng số biên chế là 13 người.

Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm được thành lập theo Quyết định số 1885/QĐ-UBND ngày 8/7/2008 của UBND tĩnh Hà Tĩnh về việc thành lập Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm Hà Tĩnh. Thực hiện chức năng, nhiệm vụ theo Quyết định số 833/QĐ-SYT ngày 13/7/2021 của Sở Y tế Hà Tĩnh về việc ban hành quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm;

Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm là tổ chức trực thuộc Sở Y tế, giúp Giám đốc Sở Y tế tham mưu cho Uỷ ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý nhà nước về vệ sinh an toàn thực phẩm; thực hiện các hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ về vệ sinh an toàn thực phẩm, thực hiện thanh tra chuyên ngành về vệ sinh an toàn thực phẩm trên địa bàn tỉnh theo quy định của pháp luật .

Chi cục chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế và hoạt động của Sở Y tế, đồng thời chịu sự hướng dẫn về chuyên môn nghiệp vụ của Cục An toàn thực phẩm-  Bộ Y tế.

Chi cục có tư cách pháp nhân, có trụ sở, con dấu và tài khoản riêng tại Kho bạc Nhà nước tỉnh.

Trụ sở làm việc: Đường Hà Hoàng- Xã Thạch Trung- Thành phố Hà Tĩnh- Tỉnh Hà Tĩnh

Từ buổi đầu thành lập với đội ngũ nhân lực ít ỏi nhưng với trách nhiệm, năng lực công tác, toàn thể cán bộ, công chức, viên chức đã không ngừng nỗ lực vượt qua mọi khó khăn để hoàn thành tốt nhiệm vụ được giao.  Đến nay được sự quan tâm của UBND tỉnh, của Sở Y tế, của Cục An toàn thực phẩm và được sự quan tâm, phối hợp của các ban ngành, đoàn thể trong tỉnh. Chi cục đã triển khai thực hiện tốt chức trách, nhiệm vụ của mình góp phần vào công cuộc bảo vệ sức khỏe nhân dân.