Cải cách hành chính đã được triển khai một cách quyết liệt, đồng bộ tất cả các nội dung của Chương trình cải cách hành chính nhà nước bao gồm: Xây dựng và hoàn thiện thể chế trong lĩnh vực y tế phù hợp với kinh tế thị trường, cải cách thủ tục hành chính, đổi mới cơ chế tài chính, cải cách tổ chức bộ máy, nâng cao chất lượng đội ngũ cán bộ, công chức và hiện đại hóa hành chính nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả quản lý ngành và tăng cường chất lượng trong cung cấp dịch vụ công về y tế cho người dân và tổ chức, doanh nghiệp.